La première partie de la première année en tronc commun d’une durée de trois mois se résume sur les matières juridiques nécessaires à l’administration publique, le management et gestion publique et les matières sur le savoir être en tant que grand commis de l’Etat.

La deuxième partie du programme de la première année, d’une durée de neuf mois comprendra les matières professionnelles dites de spécialisation.

La deuxième année est constituée de modules de formation spécifiques à l’emploi auquel les étudiants seront recrutés incluant les travaux de recherche et de stages ainsi que l’élaboration de mémoire de fin d’études.

Le contenu du programme est fixé par le Comité Scientifique après consultation des Ministères employeurs respectifs.

Les programmes de formation contiennent obligatoirement un module d’éducation physique et un stage militaire à l’Académie Militaire d’Antsirabe.

Parmi les modules transversaux figurant au programme de chacune des sections, figurent : le Droit Administratif, les Finances publiques, les Marchés publics, l’Informatique, le Français, les Techniques de Communication, l’Anglais…

La vocation de l’ENAM n’est pas de dispenser des cours magistraux, mais la formation dispensée vise néanmoins la qualité et l’excellence. Au plan didactique, les méthodes participatives, avec travaux de groupes, sont de règle : exposés – recherches sur le terrain – jeux de rôle – grandes conférences… Les cours sont dispensés en français conformément à la Constitution.